本館隸屬於臺北市政府文化局,為本府二級機關。下設有編纂組及總務組,共兩個組,預算員額13人,組織架構如下:
館長室 館長1人。
秘書(現行為研究員)1人。
本館各單位職掌(預算員額數)如下:
編纂組( 6人及文化局支援1人):市志纂修、文獻季刊與文獻專刊編輯出版、口述歷史、文獻史料之蒐集管理應用與展示推廣、圖書服務、史蹟教育推廣、館舍之營運管理、古物之指定與廢止等事項。
總務組( 5人):文書、檔案、出納、總務、財產之管理與資訊、法制、研考等業務及不屬於其他各單位事項。
另會計及人事業務(兼任2人):由有關機關派員兼任之。會計依法辦理歲計、會計及統計事項;人事依法辦理人事管理事項。
備註:秘書員額,由留任原職稱原官等之原臺北市文獻委員會研究員出缺後改置。